El tratamiento farmacológico varía según el parásito específico presente y el profesional de la salud, debe ser el único que indique el tratamiento a seguir en base a su diagnóstico.
Los medicamentos antiparasitarios actúan directamente sobre el parásito en el tracto digestivo del ser humano. Solo a modo de síntesis puede resumirse como sigue:
Cabe destacar que en algunos casos (oxiuros) es fundamental repetir el tratamiento a los 15 días, para eliminar los parásitos adultos que hayan nacido de huevos que resistieron la primera dosis del fármaco. Además, debido a que es prácticamente imposible evitar el contagio entre los convivientes, todo el grupo familiar debe realizar el tratamiento para que sea eficaz.
En muchos casos, las infecciones por geohelmintos son mixtas (varios parásitos al mismo tiempo) por lo cual, uno de los fármacos de primera eleción es mebendazol, durante tres días, y extremar las medidas de higiene, el control de agua y el lavado de las manos.
En caso de anemia secundaria a la mala nutrición, el médico puede indicar el aporte complementario de hierro y/o vitaminas.